Last modified: 15. November 2021
A Nemzeti Tehetség Program keretében Dr. Benedek Tibor nyert el támogatást 2018-ban, melynek témájáról az alábbiakban olvashatnak.
Az NTP-NFTÖP-18-B-0139 kódszámú kutatás célul tűzte ki új, a policiklusos aromás szénhidrogének biológiai lebontásában résztvevő funkciógén genotípusok felkutatását szénhidrogénekkel szennyezett közegekből származó környezeti minták, illetve izolált baktériumok esetében a CODEHOP (COnsensus DEgenerate Hybrid Oligonulcleotide Primer) módszerrel. A válaszott módszert távoli rokon-gének PCR útján történő felszaporítására fejlesztették ki és használják. A CODEHOP algoritmus segítségével a tervezett hibrid degenerált primerek alkalmasak egy közös „ősgéntől” származó, viszont egymással távoli rokonságot mutató, de adott esetben ugyanazon funkciót betöltő ortolog gének, vagy más funkciót betöltő paralog gének hatékony felszaporítására PCR útján.
A pályázat során, a franciaországi Université de Pau et des Pays de l'Adour Egyetemen Dr. Robert Duran professzor úr irányítása alatt egy molekuláris biológiai módszert fejlesztettünk ki és optimalizáltunk Gram-negatív baktériumok naftalin 1,2-dioxigenáz génjének 2Fe-2S reduktáz alegységeinek detektálására genomi vagy közösségi DNS-ből. Az újonnan tervezett primer párok és a kifejlesztett CODEHOP-PCR technika felhasználható a PAH-szennyezett területek természetes öntisztuló képességének monitorozására. A kapott eredményekből egy tudományos cikk is megjelent az Applied Microbiology and Biotechnology nívós szaklap hasábjain (AMB 104, 6023–6043, 2020).
